物流管理系统分为四个层次：

物流作业管理层、物流执行管理层、物流职能管理层物流决策管理层。

物流作业管理层：通过作业执行物流功能要素的最优化操作;

物流执行管理层：按高级管理层下达的目标和计划，制定相应执行计划，下达给作业部门;

物流职能管理层：负责制定物流运营计划、物流运营信息支持和财务管理等;

物流决策管理层：制定目标、规章制度，统一指挥和协调整个机构的运行等。